qPCR là một công nghệ tinh vi được sử dụng để đo lượng DNA trong một mẫu bằng cách sử dụng PCR . qPCR là viết tắt của thuật ngữ phản ứng chuỗi polymerase định lượng . Mặc dù đây là một quy trình nâng cao, chúng tôi có thể phân tích qPCR dữ liệu trong Excel. Trong bài viết này, chúng tôi sẽ chứng minh cho bạn hai phương pháp về cách phân tích qPCR dữ liệu trong Excel. Nếu bạn muốn biết chúng, hãy tải xuống sách bài tập thực hành của chúng tôi và theo dõi chúng tôi.
Tải xuống sách bài tập thực hành này để thực hành trong khi bạn đang đọc bài viết này.
Phân tích qPCR là gì?
qPCR hoặc phản ứng chuỗi polymerase định lượng là một công nghệ tinh vi được sử dụng để đo lượng DNA trong một mẫu bằng cách sử dụng PCR (phản ứng chuỗi polymerase) . Có hai cách để phân tích dữ liệu qPCR.
Phương pháp Double Delta Ct
Năm 2001, Livak và Schmittgen đã gọi quy trình phân tích này là Double Delta Ct phương pháp. Đây là một trường hợp cụ thể của Pfaffl phương pháp. Theo phương pháp này, chúng tôi phải nhập hai tập hợp dữ liệu thử nghiệm trung bình ( Thử nghiệm được kiểm tra gen và Thử nghiệm gen quản lý nội trợ ) và dữ liệu kiểm soát ( Kiểm soát được kiểm tra gen và Kiểm soát gen quản lý nội trợ ). Sử dụng các giá trị này, chúng tôi sẽ nhận được các giá trị của ∆CTE và ∆CTC tương ứng.
Giá trị của ∆CTE đại diện cho giá trị khấu trừ của Thử nghiệm được kiểm tra gen (TE) và Thử nghiệm gen giữ nhà (HE) . Biểu thức chung của ∆CTE là:
Tương tự, giá trị của ∆CTC là viết tắt của giá trị khấu trừ của Kiểm soát gen nội trợ (HC) từ Kiểm soát đã kiểm tra gen (TC) . Biểu thức toán học của thuật ngữ này là:
Sau đó, chúng ta cần ước tính giá trị của ∆∆Ct . Công thức xác định giá trị của ∆∆Ct là:
Cuối cùng, chúng tôi sẽ đánh giá Tỷ lệ biểu hiện gen . Theo phương pháp này, chúng tôi giả định Hiệu quả của lớp sơn lót đối với cả gen thử nghiệm và đối chứng là 100% . Do đó, biểu thức của Tỷ lệ biểu hiện gen là:
Phương pháp Pfaffl
Pfaffl phương pháp là một phương pháp chung cho qPCR phân tích. Phương pháp này có điểm tương đồng với Double Delta Ct phương pháp. Tuy nhiên, Hiệu quả của Primer giá trị trong phương pháp này không phải là 100% . Nó có thể là bất kỳ số nào. Thông thường, giá trị này vẫn nằm trong khoảng 90% đến 110% cho cả Gen giữ nhà (HKG) và Gene quan tâm (GOI) . Năm 2001, Michael Pfaffl đã đưa ra công thức phân tích này trong Nghiên cứu axit hạt nhân tạp chí.
Trong cách tiếp cận này, chúng ta phải nhập hai bộ dữ liệu. Sử dụng dữ liệu này, chúng tôi tính giá trị trung bình của chúng. Sau đó, chúng tôi ước tính giá trị trung bình của các mẫu đối chứng. Từ đó, chúng tôi sẽ xác định giá trị của ∆Ct . Biểu thức của ∆Ct là:
Hơn nữa, công thức toán học để phân tích Tỷ lệ biểu hiện gen là:
2 cách dễ dàng để phân tích dữ liệu qPCR trong Excel
Trong cuộc thi này, chúng tôi sẽ phân tích qPCR dữ liệu cho ba hoặc năm mẫu dữ liệu. Trước tiên, chúng tôi sẽ tiến hành phân tích Double Delta Ct và sau đó chúng tôi sẽ chứng minh phương pháp Pfaffl .
1. Phân tích dữ liệu qPCR thông qua phương pháp Double Delta Ct
Để phân tích qPCR dữ liệu thông qua Double Delta Ct , chúng tôi coi tập dữ liệu là năm DNA mẫu. Trong phương pháp này, chúng tôi phải xem xét giá trị của Hiệu quả PCR Primer đối với cả gen thử nghiệm và gen đối chứng là 100% . Chúng tôi cũng có thể khẳng định rằng đây là một trường hợp cụ thể của phương pháp Pfaffl. Các bước sẽ phân tích như sau:
📌 Các bước:
- Trước hết, hãy nhập tất cả các giá trị gen một cách chính xác như được hiển thị trong hình ảnh. Chúng tôi phải nhập tất cả các giá trị thử nghiệm của Thử nghiệm được kiểm tra gen (TE) và Thử nghiệm gen giữ nhà (HE) trong cột B và C Tương tự, nhập tất cả các giá trị kiểm soát của Kiểm soát đã kiểm tra gen (TC) và Kiểm soát gen nội trợ (HC) trong cột D và E tương ứng.
- Bây giờ, trong ô F5 , để tính giá trị của ∆CTE , hãy viết ra công thức sau.
=B6-C6
- Nhấn Enter .
- Tương tự, để ước tính giá trị của ∆CTC , hãy ghi lại công thức sau trong ô G5 .
=D6-E6
- Một lần nữa, nhấn Enter .
- Sau đó, chọn ô H5 và viết ra công thức sau để nhận giá trị của ∆∆Ct .
=F6-G6
- Nhấn phím Enter .
- Cuối cùng, để tính toán giá trị của Tỷ lệ biểu hiện gen hoặc 2 ^ (- ∆∆Ct) , hãy ghi lại công thức sau trong ô I5 .
=2^(-H6)
- Nhấn Enter lần cuối cùng.
- Sau đó, chọn phạm vi ô F6:I6 .
- Nhấp đúp trên Xử lý điền biểu tượng để sao chép công thức lên đến hàng 10 .
- Bạn sẽ nhận được các giá trị của Tỷ lệ biểu hiện gen cho mọi mẫu.
Do đó, chúng tôi có thể nói rằng phương pháp của chúng tôi hoạt động hoàn hảo và chúng tôi có thể phân tích qPCR dữ liệu trong Excel.
🔍 Giải thích kết quả
Giá trị của Tỷ lệ biểu hiện gen trong tổng số 0,6507 trong ô I5 có nghĩa là các mẫu gen trong điều kiện được thử nghiệm liên quan đến điều kiện kiểm soát tất cả đã được bình thường hóa thành gen vệ sinh của chúng tôi. Hơn nữa, bạn có thể xem xét nó theo tỷ lệ phần trăm. 0,6507 nghĩa là 65,07% biểu hiện gen trong điều kiện đã thử nghiệm của chúng tôi với điều kiện kiểm soát của chúng tôi .
Đọc thêm:Cách phân tích tập dữ liệu lớn trong Excel (6 phương pháp hiệu quả)
Bài đọc tương tự
- Cách Phân tích Dữ liệu Bán hàng trong Excel (10 Cách Dễ dàng)
- [Đã sửa:] Phân tích Dữ liệu Không Hiển thị trong Excel (2 Giải pháp Hiệu quả)
- Cách Phân tích Dữ liệu Quy mô Likert trong Excel (với các Bước Nhanh)
- Phân tích Dữ liệu Định tính từ Bảng câu hỏi trong Excel
2. Phân tích qPCR bằng phương pháp Pfaffl
Trong cách tiếp cận này, chúng tôi sẽ sử dụng phương pháp Pfaffl . Sự khác biệt chính giữa phương pháp này với Double Delta Ct phương pháp này có giá trị là Hiệu quả PCR Primer cho cả gen thử nghiệm và gen đối chứng không phải là 100% . Trong ví dụ này, chúng tôi sẽ giả định Hiệu quả của lớp sơn lót giá trị cho cả hai trường hợp. Đối với Gene giữ nhà mẫu, chúng tôi đang giả định giá trị của Hiệu quả lớp lót là 93% , trong khi đối với Gene quan tâm giá trị này sẽ là 101%. Các bước của phương pháp này được đưa ra dưới đây:
📌 Các bước:
- Đầu tiên, hãy nhập chính xác tất cả các giá trị gen, như được hiển thị trong hình ảnh. Chúng tôi phải nhập tất cả hai tập hợp đã xử lý và kiểm soát giá trị gen của Gen giữ nhà (HKG) và Gene quan tâm (GOI) . Cả hai bộ gen đều được ký hiệu là Ct-1 và Ct-2 tương ứng.
- Trước tiên, chúng tôi sẽ hoàn thành tất cả các tính toán cho Gen Giữ nhà (HKG) phần.
- Bây giờ, chúng tôi sẽ lấy giá trị trung bình của cả hai tập hợp. Vì vậy, chúng tôi sẽ sử dụng chức năng AVERAGE .
- Viết công thức sau vào ô E6 .
=AVERAGE(C6:D6)
- Nhấn Enter .
- Sau đó, nhấp đúp vào trên Xử lý điền biểu tượng để sao chép công thức vào ô E11 .
- Sau đó, chúng tôi phải ước tính giá trị trung bình của ba kiểm soát các giá trị.
- Để làm được điều đó, hãy ghi lại công thức sau trong F6 đã hợp nhất
=AVERAGE(E9:E11)
- Nhấn phím Enter .
- Bây giờ, chọn ô G6 và viết ra công thức sau để nhận giá trị của ∆Ct . Đảm bảo bạn nhập Tham chiếu ô tuyệt đối cho ô F6 .
=E6-$F$6
- Một lần nữa, nhấn Enter .
- Sau đó, nhấp đúp vào trên Xử lý điền biểu tượng để sao chép công thức vào ô G11 .
- Tất cả các tính toán của chúng tôi cho Gen Giữ nhà (HKG) đã hoàn thành.
- Tương tự, việc thực hiện theo cùng một quy trình sẽ hoàn thành tất cả các tính toán cho Gene quan tâm (GOI) phần.
- Cuối cùng, trong ô O6 , hãy viết công thức sau để nhận giá trị của biểu thức tỉ số. Đảm bảo Tham chiếu ô tuyệt đối cho các ô N6 và H6 .
=($N$6^M6)/($H$6^G6)
- Nhấn Enter lần cuối cùng.
- Bây giờ, nhấp đúp vào trên Xử lý điền biểu tượng để sao chép công thức vào ô O11 .
- Bạn sẽ nhận được các giá trị của tỷ lệ biểu thức cho mọi mẫu.
Vì vậy, chúng tôi có thể nói rằng phương pháp của chúng tôi đã hoạt động thành công và chúng tôi có thể phân tích qPCR dữ liệu trong Excel.
Kết luận
Đó là phần cuối của bài viết này. Tôi hy vọng rằng bài viết này sẽ hữu ích cho bạn và bạn sẽ có thể phân tích qPCR dữ liệu trong Excel. Vui lòng chia sẻ thêm bất kỳ truy vấn hoặc đề xuất nào với chúng tôi trong phần nhận xét bên dưới nếu bạn có thêm bất kỳ câu hỏi hoặc đề xuất nào.
Đừng quên kiểm tra trang web ExcelDemy của chúng tôi cho một số vấn đề liên quan đến Excel và giải pháp. Tiếp tục học các phương pháp mới và tiếp tục phát triển!
Các bài viết liên quan
- Cách phân tích dữ liệu trong Excel bằng bảng tổng hợp (9 ví dụ thích hợp)
- Phân tích dữ liệu theo tỷ lệ thời gian trong Excel (Với các bước dễ dàng)
- Cách phân tích dữ liệu định tính trong Excel (với các bước đơn giản)
- Thực hiện Nghiên cứu điển hình bằng Phân tích Dữ liệu Excel
- Cách Phân tích Dữ liệu Văn bản trong Excel (5 Cách Thích hợp)