Có nhiều lý do từ quyền riêng tư đến vấn đề cá nhân khiến user muốn vô hiệu hóa Messenger. Facebook từng bị rò rỉ dữ liệu — ác mộng cho quyền riêng tư — hoặc nhận hàng nghìn tin nhắn hàng ngày trên Messenger có thể không phải trải nghiệm dễ chịu.

Messenger tích hợp sâu vào tài khoản Facebook và hiện tại không thể vô hiệu hóa Messenger mà không vô hiệu hóa tài khoản Facebook. Nếu user không muốn vô hiệu hóa Facebook, có thể thay đổi trạng thái trực tuyến của Messenger (thảo luận sau).
Cũng có trường hợp user đã vô hiệu hóa Facebook nhưng ngạc nhiên thấy Messenger vẫn hoạt động và muốn vô hiệu hóa luôn. Mặc dù có user nghĩ gỡ app Messenger là xong, nhưng vì user muốn vô hiệu hóa chứ không xóa tài khoản (có thể quay lại), nếu Messenger không bị vô hiệu hóa, khi cài lại app có thể bị "bombard" tin nhắn.
Tác động của việc vô hiệu hóa Messenger
Khi Messenger bị vô hiệu hóa, hồ sơ user sẽ không hiển thị trong kết quả tìm kiếm của Messenger hoặc Facebook và người khác sẽ không thể gửi tin nhắn cho user. Tuy nhiên, tin nhắn, bình luận, cuộc trò chuyện, ảnh, video, v.v. của user vẫn hiển thị cho người khác.
Vô hiệu hóa tài khoản Facebook
Vì vậy, bước đầu tiên để vô hiệu hóa Messenger là phải vô hiệu hóa tài khoản Facebook (nếu đã vô hiệu hóa, có thể bỏ qua phần này). Quy trình trên Android và iPhone gần như giống nhau (như dưới). Lưu ý: với tài khoản Facebook doanh nghiệp, cần quyền admin để vô hiệu hóa tài khoản và Messenger.
- Mở app Facebook và mở Menu bằng cách chạm vào ba gạch ngang.
- Mở rộng Cài đặt & Quyền riêng tư và chọn Cài đặt.

- Mở Thông tin cá nhân và tài khoản và chạm vào Quyền sở hữu và kiểm soát tài khoản.

- Chọn Vô hiệu hóa và Xóa và khi được yêu cầu, nhập mật khẩu tài khoản.
- Chọn Vô hiệu hóa tài khoản và chạm Tiếp tục vô hiệu hóa tài khoản.

- Chọn lý do vô hiệu hóa (như Đây là tạm thời. Tôi sẽ quay lại) và chạm Tiếp tục.

- Chọn khoảng thời gian vô hiệu hóa hoặc chọn Không tự động kích hoạt lại.
- Sau đó chạm Vô hiệu hóa tài khoản của tôi, tài khoản Facebook sẽ bị vô hiệu hóa.
Vô hiệu hóa Messenger
Sau khi tài khoản Facebook đã vô hiệu hóa, user tiếp tục vô hiệu hóa Messenger.
- Mở app Messenger và góc trên trái, chạm vào biểu tượng hồ sơ user.

- Mở Pháp lý và Chính sách (hoặc Quyền riêng tư & Điều khoản) và chạm Vô hiệu hóa Messenger.

- Nhập mật khẩu tài khoản và chạm Tiếp tục.

- Chạm vào Vô hiệu hóa và Messenger sẽ bị vô hiệu hóa.

Nếu nút vô hiệu hóa Messenger không hiển thị hoặc không hoạt động, hãy chắc chắn tài khoản Facebook đã vô hiệu hóa và nếu vậy, bạn có thể cài lại app Messenger để bật nút vô hiệu hóa. Sau đó làm theo các bước trên.
Nếu nút Vô hiệu hóa vẫn không hiện/hở sau khi cài lại, user có thể dùng trình duyệt PC vào trang Cài đặt của Facebook. Đi đến tab thiết bị và ngắt kết nối mọi thứ (điện thoại, PC, v.v.) trừ thiết bị đang dùng truy cập web. Sau đó vô hiệu hóa tài khoản Facebook qua web và đảm bảo vô hiệu hóa Messenger bằng cách bỏ chọn Giữ sử dụng Messenger trong quy trình.

Nếu user chỉ dùng số điện thoại tạo tài khoản Messenger, phải tạo tài khoản Facebook với cùng số điện thoại rồi làm theo hướng dẫn trên để vô hiệu hóa Messenger.
Trường hợp Messenger Lite, user có thể vô hiệu hóa qua website.
Tắt trạng thái hoạt động (Active Status) trong Messenger
Một số user không thoải mái vô hiệu hóa Facebook chỉ để vô hiệu hóa Messenger. Những user này có thể tắt Hiển thị khi bạn hoạt động.
- Mở app Messenger và chạm vào ảnh hồ sơ user.

- Mở Trạng thái hoạt động và tắt Hiển thị khi bạn hoạt động.

- Xác nhận tắt Trạng thái hoạt động.
Cũng có thể giới hạn thời gian dùng Messenger (nếu lo lắng về thời gian) bằng Screen Time (iOS) hoặc Digital Wellbeing (Android).