Xem sự khác biệt giữa cây có gốc (rooted) và không gốc (unrooted).
Ví dụ Rooted Tree
Ví dụ Unrooted Tree
Khác biệt cơ bản
Trong cây có gốc, mỗi nút có con cháu đại diện cho tổ tiên chung gần nhất được suy diễn. Độ dài cạnh có thể diễn giải là ước lượng thời gian.
Cây không gốc không có gốc tổ tiên. Chỉ biểu thị thứ tự phân nhánh, không chỉ ra vị trí gốc hay tổ tiên chung cuối cùng.