Thuật toán BLAST được tạo ra bởi Altschul, Gish, Miller, khoảng năm 1990 tại Trung tâm Quốc gia cho Thông tin Công nghệ Sinh học (NCBI). BLAST được dùng để suy ra mối quan hệ chức năng và tiến hóa giữa các chuỗi và giúp nhận diện thành viên của họ gen.
Trang web NCBI bao gồm một vài cơ sở dữ liệu BLAST phổ biến. Theo nội dung của chúng, chúng được kết hợp thành cơ sở dữ liệu nucleotide và protein. NCBI cũng hỗ trợ cơ sở dữ liệu BLAST chuyên biệt bao gồm cơ sở dữ liệu sàng lọc vector, có một vài cơ sở dữ liệu genome cho nhiều sinh vật, và cơ sở dữ liệu trace.
BLAST dùng phương pháp heuristic để khám phá các căn chỉnh cục bộ lớn nhất giữa chuỗi truy vấn và cơ sở dữ liệu. BLAST tăng tốc độ tìm kiếm tổng thể bằng cách chia các chuỗi được so sánh thành chuỗi các đoạn (được định nghĩa như words) và ban đầu tìm kiếm trùng khớp giữa các từ này.
Trong BLAST, các từ được coi như k-tuples. Đối với nucleotide DNA, một từ thường bao gồm 11 base (nucleotide), trong khi cho protein, một từ thường bao gồm 3 axit amin. BLAST tạo bảng băm của từ lân cận (tức là từ trùng khớp gần), trong khi ngưỡng cho "sự gần" được đặt dựa trên thống kê. Nó bắt đầu từ trùng khớp chính xác đến từ lân cận.
Vì căn chỉnh tốt phải bao gồm một số trùng khớp gần, nó có thể dùng thống kê để quyết định trùng khớp nào quan trọng. Bằng băm (hashing), nó có thể tìm trùng khớp trong thời gian O(n) (tuyến tính). Bằng cách mở rộng trùng khớp ở cả hai hướng, phương pháp khám phá căn chỉnh chất lượng cao bao gồm nhiều cặp đoạn điểm cao (high-scoring segment pairs) và cặp đoạn tối đa (maximal segment pairs).
Có một vài phiên bản và mở rộng của thuật toán BLAST. Ví dụ, MEGABLAST, Discontinuous MEGABLAST, và BLASTN đều có thể dùng để nhận diện chuỗi nucleotide. MEGABLAST được thiết kế đặc biệt để tìm hiệu quả căn chỉnh dài giữa các chuỗi rất giống nhau, do đó là công cụ tốt nhất để tìm trùng khớp chính xác cho chuỗi truy vấn.
Một trong các tham số thiết yếu hướng dẫn độ nhạy của tìm kiếm BLAST là độ dài từ gốc, hoặc word size. Word size linh hoạt trong BLASTN và có thể giảm từ giá trị mặc định đến tối thiểu 7 để cải thiện độ nhạy tìm kiếm. Do đó BLASTN vượt trội hơn MEGABLAST trong việc khám phá căn chỉnh đến chuỗi nucleotide liên quan từ sinh vật khác nhau.
BLAST protein-protein tiêu chuẩn (BLASTP) dùng cho cả nhận diện chuỗi axit amin truy vấn và tìm chuỗi giống nhau trong cơ sở dữ liệu protein. Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST được tạo cho tìm kiếm tương đồng protein nhạy cảm hơn. Nó hữu ích cho tìm protein liên quan rất xa.
Pattern-Hit Initiated (PHI)-BLAST có thể làm tìm kiếm mẫu protein giới hạn. Nó được tạo để tìm protein chứa mẫu do người dùng định nghĩa và giống chuỗi truy vấn trong lân cận của mẫu.