File ibdata1 (tablespace chung InnoDB) không thể shrink trực tiếp. Cách duy nhất: dump toàn bộ database, xóa file, reload.
Giải pháp: bật innodb_file_per_table
Mỗi bảng lưu riêng file .ibd (mặc định từ MySQL 5.6.6).
Nếu MySQL < 5.6.6, thêm vào my.cnf
[mysqld] innodb_file_per_table = 1
Sau khi bật, các bảng mới tạo sẽ có file .ibd riêng, có thể reclaim'espace khi DROP/TRUNCATE TABLE.