InnoDB (mặc định từ MySQL 5.6):
- Hỗ trợ transaction (ACID).
- Row-level locking -> hiệu năng cao hơn MyISAM.
- Buffer pool lớn cho dữ liệu và index.
- Hiệu năng tốt hơn MyISAM trong hầu hết trường hợp.
MyISAM (mặc định trước 5.5):
- Đơn giản, dễ thiết kế -> phù hợp người mới.
- Không phức tạp về foreign key.
- Nhanh hơn InnoDB ở một số trường hợp đọc thuần túy.
- Dùng khi cần hiệu năng tối thiểu, không cần transaction.