Kerberos có một số nhược điểm sau:
Tấn công dò mật khẩu - Kerberos không giải quyết được tấn công dò mật khẩu. Nếu người dùng chọn mật khẩu yếu, kẻ tấn công có thể thực hiện tấn công từ điển ngoại tuyến bằng cách liên tục giải mã các thông điệp được mã hóa dưới khóa dẫn xuất từ mật khẩu. Mục tiêu là thiết kế giao thức xác thực không bị ảnh hưởng bởi tấn công dò mật khẩu.
Giả mạo KDC - Tấn công dựa trên khả năng giả mạo phản hồi KDC. Theo định nghĩa giao thức Kerberos, giả mạo phản hồi KDC không nên là mối lo ngại bảo mật vì Kerberos được thiết kế để chịu đựng mạng không tin cậy. Giả mạo IP xảy ra trên mạng không tin cậy. Kerberos thực hiện xác thực hai chiều, yêu cầu chứng minh danh tính của người dùng và máy chủ, cung cấp bảo vệ chống tấn công Man-in-the-Middle.
Tấn công từ chối dịch vụ - Kerberos không giải quyết được DoS. Kẻ xâm nhập có thể ngăn ứng dụng tham gia xác thực đúng cách. Phát hiện và giải quyết thường tốt nhất nhờ quản trị viên. Kẻ tấn công có thể ngập KDC bằng yêu cầu xác thực, làm chậm hoặc sập KDC. Giải pháp: đặt KDC sau tường lửa và dùng KDC slave dự phòng để cân bằng tải.
Vi phạm máy chủ KDC - KDC lưu cơ sở dữ liệu mã hóa các chủ thể/verifier và khóa bí mật. Nếu KDC bị xâm phạm, toàn bộ mạng bị xâm phạm dù khóa chính được mã hóa bằng khóa master (cũng lưu tại KDC). Kẻ tấn công có thể kiểm soát toàn mạng, tạo/thay đổi thông tin đăng nhập. Giải pháp: bảo mật KDC và giới hạn truy cập.
Vi phạm verifier/máy chủ - Nếu máy chủ bị xâm phạm, các dịch vụ trên máy chủ đó bị xâm phạm. Kẻ tấn công có thể mạo danh dịch vụ và giải mã trao đổi giữa dịch vụ và client. An ninh dịch vụ phụ thuộc vào an ninh máy chủ. Biện pháp an ninh phải tương xứng với giá trị dịch vụ và tài nguyên.